Probablement l'église la plus célèbre de Goa et l'une des plus vénérées par les chrétiens du monde entier, la Basilique du Bon Jésus dans le vieux Goa est célèbre pour abriter les restes mortels de saint François-Xavier. Ce complexe ainsi que quelques autres églises du vieux Goa sont inscrits sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO. Sa façade extérieure en granit noir se distingue par une architecture baroque associée à des influences dorique, corinthienne et composite.

À l'intérieur, l'autel principal mesure environ 9 mètres de large et 16,5 mètres de haut, dont les piliers sont composés de basalte provenant de Bassein (aujourd'hui Vasai, une ville de Maharashtra), à environ 300 km. Entièrement doré, il est composé d'une représentation de l'enfant Jésus-Christ au-dessus de qui se trouve une statue de saint Ignace de Loyola, le fondateur de l'ordre des Jésuites. Le saint contemple un médaillon au-dessus duquel se trouve une représentation de la Sainte Trinité (Père, Fils et Saint-Esprit). Au sud de la basilique se trouve la chapelle où sont conservées les reliques sacrées de saint François-Xavier. L'intérieur de l'église est richement décoré de sculptures en bois et de peintures qui représentent des scènes de la vie de saint Xavier. Un coffret en argent contenant les reliques sacrées du saint est divisé en sept panneaux, dont chacun contient deux plaques représentatives des grands moments qui ont ponctué la vie du saint.

Située sur la place principale du Vieux Goa, l'église Saint-François d'Assise est à environ 10 km de Panaji. Elle a été fondée par huit frères franciscains qui sont arrivés à Goa en 1517. Le portail de style portugais manuélin est le portail d'origine de son ancienne structure datant de 1665. L'église Saint-François d'Assise offre un contraste visuel fascinant entre sa façade extérieure simple et son somptueux intérieur baroque. L'intérieur aux influences corinthiennes est magnifiquement décoré. L'autel principal l'élément le plus époustouflant des lieux, surmonté d'une grande statue de saint François d'Assise et une autre de Jésus-Christ. Il est encadré de peintures sur bois qui représentent la vie du saint patron des lieux et l'époque à laquelle il a appartenu.

L'église était à l'origine une chapelle qui a ensuite été transformée en église en 1521 et consacrée en 1602, la structure actuelle datant de 1661. Un couvent est adjacent à l'église et il abrite aujourd'hui un musée fondé par l'Archaeological Survey of India (ASI) en 1964. Il expose des peintures, des sculptures et d'autres objets liés à l'histoire et à la culture de Goa. L'église, orientée à l'ouest, est composée d'une nef avec trois chapelles sur chacun de ses côtés, un maître-autel et un chœur.

Parmi les églises les plus pittoresques de Goa, cette belle structure est située dans le vieux Goa près de la cathédrale de Sé. Construite en 1665 par des moines italiens de l'ordre des Théatins, l'église de Saint-Cajetan est un bel exemple d'architecture corinthienne. Sur sa façade extérieure se trouvent quatre magnifiques statues de saint Paul, de saint Pierre, de saint Jean l'évangéliste et de saint Matthieu.

L'intérieur, qui comporte également des éléments corinthiens, est orné de dorures reflétant des influences baroque, rococo et goane. Le maître-autel de l'église est dédié à Notre-Dame de la Divine Providence. Autrefois appelée église Notre-Dame de la Divine Providence, l'église est composée de blocs en latérite qui ont été enduits à la chaux. La façade de l'église est encadrée par deux tours qui servent de clocher. À gauche à l'entrée de l'église, on peut apercevoir trois autels dédiés à la Sainte Famille, à Notre-Dame de la Piété et à sainte Claire. À droite se trouvent des autels dédiés saint Jean, saint Cajetan et sainte Agnès. Le plus grand des autels sur la droite est dédié à saint Cajetan lui-même.

Située dans la capitale de l'état de Panaji, Notre-Dame de l'Immaculée Conception aurait à l'origine été construite en 1541 comme une chapelle pour servir les besoins religieux des marins portugais. La chapelle est finalement devenue une paroisse en 1600 et neuf ans plus tard, elle a été remplacée par une église. Son escalier symétrique en zigzag a été construit au XVIIIe siècle. L'église aurait été conçue à l'image de l'église Bon Jésus de Braga au Portugal, avec son palier central et ses quatre paliers latéraux placés de manière symétrique.

La statue de Notre-Dame a été posée sur un socle de 5 m de haut sur le palier central en 1954. L'église abrite également une ancienne cloche venant des ruines augustiniennes de l'église Notre-Dame-de-Grâce. Elle est considérée comme la deuxième plus grande cloche de son genre à Goa, après la Cloche d'Or qui se trouve dans la Cathédrale de Sé. L'église est dotée d'une façade blanche de style portugais baroque et goan et de deux tours. Elle est également surplombée par un clocher qui peut être vu de très loin, c'est pourquoi il est aussi appelé la couronne de Panaji. Il faut monter une volée de 78 marches pour atteindre l'église. L'autel principal de l'église est dédié à la Vierge Marie et les deux autres autels qui l'encadrent sont minutieusement sculptés et plaqués or. L'un d'eux est dédié à la crucifixion de Jésus et l'autre à Notre-Dame-du-Rosaire. Des statues en marbre de saint Pierre et de saint Paul encadrent ces deux autels. Le 8 décembre de chaque année, l'église est illuminée à l'occasion de la fête de Notre-Dame de l'Immaculée Conception. Ces célébrations sont précédées d'une neuvaine dédiée à Notre-Dame.