Индуистских пещер в храмовом комплексе Эллоры насчитывается больше всего: 17. Они имеют номера с 13 по 29. Они удивительным образом похожи на буддистские пещеры, среди них есть кельи для монахов, залы для медитации, общения с богом Шивой и трапезные. Их раскопали во время правления таких правителей, как Калачури, Чалукья и Раштракута. Самые известные пещеры – это пещеры под номерами 14, 15, 16, 21 и 29. В пещере №14 можно посмотреть на интересные скульптурные панели, украшенные индуистскими божествами. А пещера № 16 – это вообще всемирно известная Кайласанатха, огромный шиваитский храм на вершине гор Кайласа. По преданиям древних индусов считается, что именно этот храм ведёт на небо, и именно в нём обитает сам Шива. Это святилище высечено из монолитной скалы и украшено резьбой, красоту которой практически невозможно описать словами. Во внутреннем дворе этого великолепного храма стоят две статуи слона в натуральную величину, а также два столпа победы. В то время, как боковые стены украшены скульптурными панелями.

Пещера 21, называемая также пещерой Рамешвар, оригинально украшена изображениями Ганги и Ямуны. В то время, как пещера 29, которую местное население называет Сита-ки-Нахани, уникальна благодаря своей высоте и планировке и чем-то напоминает большую пещеру в Элефанте. Здесь также находится множество внушительных статуй.