नेपियर संग्रहालय और प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय शहर के केंद्र में स्थित हैं, जो प्राणी उद्यान के करीब है। 19 वीं शताब्दी में निर्मित, नेपियर संग्रहालय में बड़ी संख्या में ऐतिहासिक कलाकृतियां हैं, जिनमें हाथी दांत की नक्काशी, एक मंदिर का रथ, प्राचीन आभूषण, हथियार, सिक्के और कांस्य की मूर्तियां भी हैं, और सदियों पुराने विभिन्न शासकों के क्षेत्र के इतिहास का दस्तावेज संभाले हुए है।भगवान शिव, भगवान विष्णु, देवी पार्वती और देवी लक्ष्मी की मूर्तियां कांसे की बनी हुई हैं। धातु की मूर्तियां 8 वीं से लेकर 18 वीं शताब्दी की दक्षिण भारतीय मूर्तिकला शैली की विशेषताओं को दर्शाती हैं।

पल्लव शैली के साथ मध्य त्रावणकोर में अम्बालापुझा मंदिर से एकत्र 8 वीं शताब्दी की विष्णु की मूर्ति राज्य की सबसे पुरानी धातु की मूर्ति है।संग्रहालय का नाम जॉन नेपियर के नाम पर रखा गया है, जो मद्रास (अब चेन्नई) के पूर्व गवर्नर जनरल थे और इसे सरकारी कला संग्रहालय के रूप में भी जाना जाता है। एक जापानी छाया नाटक (शैडो प्ले), जो रामायण और महाभारत की कहानियों को चित्रित करता है, दर्शकों को बहुत पसंद आता है। प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय भी प्रागैतिहासिक कंकालों को देखने  और टैक्सिडेरमी गैलरी के अपने संग्रह के लिए जाना जाता है। यहां भी अवश्य ही जाना चाहिए।