स्वामीमलाई मंदिर तंजावुर के करीब एक पहाड़ी पर स्थित है, जो भगवान मुरुगन को समर्पित है। यहां तक पहुंचने के लिए 60 सीढ़ियां चढ़नी पड़ती हैं, जो 60 साल के हिंदू वर्षों के चक्र को दर्शाती हैं। कहा जाता है कि भगवान मुरुगन ने खुद एक बार इस स्थल पर आकर अपने पिता भगवान शिव की पूजा करने के लिए प्रणय मंत्र का अर्थ बताया था। स्वामीमलाई को भगवान मुरुगन के छह पवित्र निवास स्थानों में से एक माना जाता है। यह स्थान भगवान मुरुगन के पड़ई वीदुगल (युद्ध शिविर) के रूप में प्रसिद्ध है। पहाड़ी पर स्वामीमलाई मंदिर से थोड़ा नीचे स्थित भगवान शिव का भी एक मंदिर है। मंदिर में जाने का सबसे अच्छा समय अप्रैल में आयोजित 'टेम्पल कार फेस्टिवल' और मार्च के महीने में 'पंगुनी उथिरम' महोत्सव के दौरान होता है।