Situé dans l’enceinte du fort de l'Est, le temple de Padmanabhaswamy est réputé pour ses gravures sur pierre et ses fresques peintes. Le Seigneur Vishnu allongé sur Anantha, le serpent, est la divinité qui préside ce temple, considéré comme l’un des 108 sanctuaires sacrés du Seigneur Vishnu en Inde, ou Divya Desams. Selon le texte hindou sacré Bhagwat Gita, le frère ainé du Seigneur Krishna, Balarama, aurait visité ce temple qui mélange les styles architecturaux Dravidien et Kerala. Les croyants considèrent que le coffre mystérieux du temple ne doit pas être ouvert par un humain. On raconte que si quelqu’un essayait de le faire, des catastrophes frapperaient les environs du temple ou l’ensemble de l’Inde. Seuls ceux qui suivent les préceptes hindous peuvent pénétrer dans le temple, qui impose également un code vestimentaire.

La structure actuelle du temple est le résultat d’une rénovation commandée par Marthanda Varma, l’un des rois de Travancore les plus célèbres et les plus remarquables. C'est également lui qui a instauré les festivals de Murajapam et Bhadra Deepam dans le temple. Murajapam signifie “chant continu de prières”, et a lieu à Padmanabhaswamy une fois tous les six ans.