Como una de las iglesias más antiguas construidas por los europeos en la India, la Iglesia de San Francisco es conocida por su hermoso diseño y ambiente. Con un techo muy elevado y a dos aguas, enmarcado con madera y cubierto con tejas, la iglesia tiene dos pináculos a cada lado de la fachada.

El templo fue construido por un grupo de frailes franciscanos portugueses en 1503. Inicialmente, consistía en una estructura de barro y madera, y estaba dedicada a San Bartolomé. Más adelante, se dedicó a San Antonio, el santo patrono de Portugal.

En el año de 1524, durante su tercera visita a Kerala, el explorador portugués Vasco da Gama, quien llegó desde Europa por mar, cayó enfermo y murió en Kochi. Fue enterrado en la Iglesia de San Francisco, no obstante, unos 14 años después, sus restos fueron llevados de regreso a Portugal. Protegida bajo el Servicio Arqueológico de la India (ASI, en inglés), la iglesia está abierta a los visitantes de lunes a viernes. Los domingos y días especiales, la iglesia mantiene sus servicios.