Der Padmanabhaswamy Tempel, der innerhalb eines Burghofs im Ost Fort liegt, ist bekannt für seine Steinschnitzereien und Mauermalereien. Lord Vishnu stützt sich auf Anantha, die Schlange, eine der herrschenden Gottheiten in diesem Tempel der einer der 108 heilige Schreine oder Divya Desams des Lord Vishnu in Indien sein soll. Nach dem heiligen hinduistischen Text der Bhagwat Gita, Lord Krishnas älterem Bruder, besuchte Balarama diesen Tempel, ein Zusammenfluss der Dravidian und Kerala Architekturstile. Man glaubt, dass der Tempel eine mysteriöse Gruft besitzt, die von keinem Menschen geöffnet werden kann. Man sagt, wenn Menschen das probierten, würden in den Tempelgebäuden, darum herum und in ganz Indien Katastrophen passieren. Nur diejenigen die dem Hindu Code folgen dürfen diesen Tempel betreten und es gibt auch einen Dresscode.

Der aktuelle Bau des Tempels ist das Ergebnis der Renovierung, die von Marthanda Varma in Auftrag gegeben wurde, einer der beliebtesten und bekanntesten Travancore Könige. Er hat auch das Murajapam und Bhadra Deepam Fest im Tempel eingeführt.Ersteres bedeutet kontinuierliches Singen von Gebeten und findet alle sechs Jahre in Padmanabhaswamy statt.