يقع معبد بادمانابهاسوامي في المنطقة المحيطة بالقلعة الشرقية، ويشتهر بالنقوش الحجرية واللوحات الجدارية الفنية. ويعتبر تمثال الإله فيشنو الذي يتكئ على أنانثا (مقعد الثعبان ذو الألف رأس) هو الإله الرئيسي في هذا المعبد، الذي يعد واحدا من 108 ضريح مقدس ،أو كما يطلق عليه معبد ديفا ديسامز المخصص لعبادة الإله فيشنو في الهند. ووفقًا للنصوص الواردة في الكتاب الهندوسي المقدس "بهاجوات جيتا" فإن الإله بالارام يعتبر شقيق الإله كريشنا الأكبر حيث قام بالارام بزيارة هذا المعبد مما جعله يجمع في تصميمه بين الأساليب المعمارية درافيديان وكيرالا. ويعتقد أن المعبد يحتوي على قبو غامض لا يمكن فتحه من قبل أي شخص، ويقال إنه إذا حاول أحد القيام بذلك سيتبع ذلك حدوث الكوارث في مباني المعبد أو ما حولها أو في مختلف أنحاء الهند. يمكن دخول المعبد فقط لمن يلتزمون بالقواعد الهندوسية و الالتزام بارتداء الزي الرسمي أيضاً.يعتبر الهيكل الحالي للمعبد هو نتاج عملية تجديد قام به مارثاندا فارما أحد ملوك إمارة ترافانكور الأكثر شهرة في الهند. و يتم تنظيم مهرجانات موراجابام وبهادرا ديبام في المعبد. وكانت الأشكال القديمة لتلك المهرجانات تتمثل في ترديد الترانيم الخاصة بشعائر العبادة، وكانت تقام في معبد بادمانابهاسوامي مرة واحدة كل ست سنوات.يعتبر تمثال الإله فيشنو الموجود في المعبد مميزا وفريدا من نوعه، حيث أنه يضم أكثر من 12000 من الصدف الصلب يعبر عن الإله فيشنو، ومأخوذة من علي ضفاف نهر جانداكي في نيبال. و يبلغ طول التمثال 18 قدمًا ، وموضوع على لوح حجري ، ويمكن رؤيته من الأبواب الثلاثة لباحة المعبد. ويحتوي معبد بادمانابهاسوامي أيضًا علي صور بالحجم الطبيعي لـناراسيما سوامي (تجسيد الإله فيشنو في هيئة نصف أسد ونصف رجل). ويوجد أيضا صور للإله جانيشا وجاجا لاكشمي في المعبد. كما نجد سارية العلم المعروفة باسم دهواجا ستامبا مصنوعة من صفائح نحاسية مطلية بالذهب. يعرض علي جدران قاعات المعبد أشكال للآلهة بالي بالي ماندابام وموخا ماندابام ، بينما يُظهر سقف نافاجراها ماندابا الكواكب التسعة للنظام الشمسي. نجد في الطابق السفلي من المعبد قاعة الدراما ، حيث تقام عروض رقص كاتكالي خلال أشهر المالايالامية حسب التقويم الشمسي الهندي في مينام (من مارس إلى أبريل) وثولام (من أكتوبر إلى نوفمبر). ويعتبر ممر المعبد تحفة فنية، حيث يتميز بوجود أعمدة حجرية من الجرانيت المنحوت على كلا الجانبين.يتبع المعبد قواعد صارمة الالتزام بزي رسمي ، لذلك من الأفضل أن يرتدي الرجال ملابس طويلة (تصل إلى أقدامهم) ، وينبغي أن ترتدي النساء الساري أو نصف الساري أو التنورة والبلوز لحضور طقوس دارشان (طقوس التعبير عن الطاعة للآلهة).